A Fiocruz, instituição pública e estratégica de Estado, deve sempre direcionar sua pesquisa a fim de gerar benefícios para a sociedade. 
Para apoiar a gestão nessa direção, precisamos de um instrumento que avalie os impactos da pesquisa, superando as limitações do modelo vigente, pautado mais por uma lógica produtivista, baseada em critérios quantitativos expressos em rankings, ranking, que não considera a diversidade da produção do conhecimento. 

O Observatório em Ciência, Tecnologia e Inovação em Saúde da Fiocruz visa contribuir para a gestão e formulação de políticas institucionais de CT&I e gerar informações sobre o impacto social do conhecimento produzido na instituição, por meio do uso de indicadores e estudos que possibilitam conhecer os impactos da pesquisa para além do meio acadêmico. Ao adotar tal modelo – alternativo ao sistema vigente – para o monitoramento e avaliação da Ciência, o Observatório promove pesquisas e cria nova infraestrutura que pode ser apropriada por toda a comunidade científica. A geração dos indicadores e estudos, por exemplo, cria a demanda por dados sistematizados utilizados como fontes primárias, o que resulta não somente nas análises publicadas pelo Observatório, mas também, numa nova infraestrutura da pesquisa na instituição.
 
Além dos estudos, portanto, o Observatório produz outros resultados importantes para a instituição, convergindo grupos, criando infraestrutura de pesquisas e desenvolvendo ou aprimorando tecnologia a fim de alcançar seus objetivos.
 
Ao propor o Observatório, a Fiocruz reitera que o valor da ciência aqui produzida e sem contradição com a importância da publicação e da sua circulação global, vai além da quantidade ou do fator de impacto das revistas em que publica, mas está na capacidade de produzir avanços para a sociedade. Esta é uma oportunidade crítica para se pensar sobre a translação do conhecimento na busca por mecanismos de superação dos gaps da ciência para que a pesquisa e o desenvolvimento tecnológico cheguem à população brasileira.

Hoje temos poucos instrumentos que nos ajudam a conhecer os impactos e benefícios gerados pelo conhecimento produzido pela Fiocruz. Além disso, as atividades de pesquisa são registradas por diversos mecanismos (internos e externos) para diferentes objetivos, muitas vezes resultando em informações dispersas e/ou conflitantes.
Com o objetivo de superar as limitações dos modelos vigentes de avaliação, o Observatório adota duas estratégias: (1) o uso de indicadores tradicionais de avaliação da Ciência, como demográficos e bibliométricos, a partir de novas abordagens metodológicas que ampliem a capacidade de contextualização e análise das atividades de pesquisa e inovação, como os estudos quanti-quali de perfis sobre os pesquisadores e a produção científica, redes de cooperação, entre outros e (2) a proposição de novos indicativos que buscam identificar o impacto das pesquisas em outras dimensões para além do acadêmico, como social, econômico, cultural, político, organizacional e na prestação de serviços. Para isso o Observatório realiza uma pesquisa sobre novos modelos de avaliação da Ciência  e avança na construção de uma matriz de indicativos de impacto social, que será aplicada tanto na indução de novas pesquisas como no monitoramento e avaliação de pesquisas em curso e concluídas, a fim de revelar as especificidades locais, a diversidade e complexidade da dinâmica de produção de conhecimento de CT&I em Saúde, sobretudo, de revelar os diversos efeitos destas atividades sobre a sociedade

O Observatório é uma rede colaborativa formada por diferentes unidades e grupos de pesquisa e coordenada pelas Vice-presidências de Ensino, Informação e Comunicação (VPEIC) e de Pesquisa e Laboratórios de Referência (VPPLR).
A gestão e produção dos indicadores e dos estudos qualitativos é coordenada por unidades técnico-científicas e órgãos vinculados à Presidência da Fiocruz, de acordo com sua vocação, a saber: Centro de Estudos Estratégicos (CEE), Centro de Desenvolvimento Tecnológico em Saúde (CDTS), Diretoria Regional de Brasília (Direb) e Instituto de Comunicação e Informação Científica e Tecnológica em Saúde (Icict). O CDTS é responsável também pelo desenvolvimento do portal do Observatório. Além disso,dependendo do objeto de pesquisa, outros grupos de especialistas, internos e externos, também são mobilizados.