A malária, doença febril aguda não contagiosa e de evolução potencialmente grave quando não tratada precocemente, tem ampla distribuição geográfica. Este estudo teve o objetivo de descrever a ocorrência, os dados sócio-demográficos, os deslocamentos geográficos e o perfil clínico-laboratorial, dos casos de malária atendidos no Serviço de Doenças Febris Agudas/IPEC/FIOCRUZ no período de 2005 a 2009. Além disso, foi determinada a concordância entre a cura parasitológica e a cura molecular da malária, através da PCR. Foram incluídos 69 pacientes, dos quais 61% com infecção por P.vivax, 26% com infecção por P.falciparum, 10% com infecção mista e 3% com infecção por P.malariae. Observou-se uma freqüência três vezes maior de malária em homens do que em mulheres, sendo a grande parte de viajantes com nível superior de escolaridade que se deslocavam a trabalho. A maioria das infecções foi adquirida no Brasil, em região endêmica e as demais adquiridas em países do continente africano, outros países do continente americano e o continente asiático. Cerca de 45% dos indivíduos procedentes do Brasil eram de quatro cidades: Manaus-AM, Itaituba-PA, Oriximiná-PA e Cruzeiro do Sul-AC. Segundo os dados nacionais, dois (Manaus-AM e Cruzeiro do Sul-AC) desses quatro municípios correspondem a dois dos três que concentram 20% da totalidade dos casos registrados na Amazônia Brasileira. O tempo médio estimado de incubação foi de 32 dias, e cinco indivíduos apresentaram um período de incubação ≥ 90 dias. A queixa principal motivante da procura de atendimento médico foi febre alta (70%). A tríade clássica da malária esteve presente em 80% dos casos. Os sintomas mais freqüentes foram febre (99%), cefaléia (94%), prostração (94%) e mialgia (91%). Vinte e dois indivíduos foram internados no IPEC no período. Do total de pacientes, 13 apresentaram mais de um critério de definição de malária complicada segundo a OMS, desses, 10 tinham infecção por P.falciparum, dois por P.vivax e uma infecção mista. Além desses 13, outros cinco pacientes com malária por P.vivax apresentaram os seguintes sinais clínicos: hipotensão, desidratação, oligúria, lipotímia associada a hipotensão postural, icterícia detectável clinicamente, considerados como preditivos de gravidade, embora não considerados pela classificação da OMS, totalizando 18 casos graves. O tempo médio decorrido entre o início dos sintomas e o diagnóstico de malária foi: dez dias, com máximo de 88 dias. A trombocitopenia grave foi observada em treze pacientes (22%), que não apresentaram sangramento ativo. A anemia ocorreu em 51% dos pacientes, sem correlação com o número de parasitos por mm3 . A concordância entre o resultado do exame parasitológico direto e do teste molecular para o gênero Plasmodium foi 89.7%, a sensibilidade 97% e a especificidade 84%. Conclui-se que a Unidade se presta ao papel de sentinela de malária; que mais estudos clínicoepidemiológicos com número maior de pacientes na região extra-Amazônica devem ser realizados a fim de confirmar a emergência de gravidade por P.vivax no Brasil, validar os sinais preditivos de gravidade para infecções por P.vivax, avaliar a associação entre trombocitopenia e sangramentos ativos, e observar períodos prolongados de infecção em regiões não endêmicas onde a possibilidade de re-infecção por Plasmodium é inexpressiva.