OBJETIVO: Analisar a trajetória e satisfação profissional de egressos de cursos de doutorado na área da saúde. MÉTODOS: Estudo exploratório com 827 egressos dos cursos de doutorado da Fundação Oswaldo Cruz nas áreas da saúde coletiva, biociências e atenção à saúde, entre 1984 e 2007. Os sujeitos foram agrupados em três coortes temporais. Foi analisado o perfil dos egressos; mapeadas suas trajetórias profissionais, suas percepções sobre a formação recebida; suas motivações para escolha da instituição para realizar o doutorado; e as avaliações efetuadas sobre os cursos. Utilizou-se questionário em formato eletrônico para preenchimento on-line para coleta de dados. RESULTADOS: Existiram diferenças entre as coortes de egressos, relacionadas ao período em que cursaram o doutorado, a distintas trajetórias de formação e processos de trabalho entre egressos das áreas de biociências e saúde e as peculiaridades das diferentes áreas em que a instituição oferece cursos de doutorado: saúde coletiva, biociências e atenção à saúde. CONCLUSÕES: Os resultados possibilitam ampliar o conhecimento das instâncias de gestão acadêmica sobre os processos de formação, estabelecendo uma “linha de base” para o acompanhamento da trajetória dos egressos e contribuir com subsídios para o aprimoramento dos processos de acompanhamento de egressos dos programas de pós-graduação.