A terminologia empregada pelos pesquisadores para identificação dos temas de seus Grupos de Pesquisa, registrados junto ao Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, foi também empregada como um instrumento na reordenação das Linhas de Pesquisa da Fundação Oswaldo Cruz, assim como indicador qualitativo para a avaliação da produção científica institucional. Esses dois processos foram desenvolvidos pelo Departamento de Estudos em Ciência e Tecnologia do Centro de Informação Científica e Tecnológica, em parceria com representantes de outras Unidades da Instituição. Uma análise comparativa apontou as divergências existentes entre a terminologia empregada pelos pesquisadores, a Tabela de Áreas do Conhecimento do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, os Descritores em Ciências da Saúde desenvolvidos pelo Centro Latino Americano e do Caribe de Informações em Ciências da Saúde e o Tesauro de Manguinhos. Os resultados desta análise levaram a uma conclusão sobre a validade do uso da análise terminológica como um dos instrumentos para a reordenação dos Grupos de Pesquisa dentro das linhas de pesquisa da Fundação Osvaldo Cruz, assim como do seu uso como instrumento de avaliação da produção científica, já que ambos estes processos visam proporcionar maior integração científica institucional, de maneira estratégica e econômica.