A evolução da biotecnologia vem ocorrendo concomitantemente com o progresso de vários blocos do conhecimento que a compõem, com destaque para a genômica, proteômica, biologia molecular e bioquímica, e com a consolidação de uma indústria de bens, máquinas e equipamentos voltados para a biotecnologia. Tais avanços implicam em novas formas organizacionais, tais como arranjos cooperativos da pesquisa e inovação, e de outras rotinas peculiares. Estes arranjos e padrões de organização são complexos, e têm demandado uma profunda revisão dos marcos institucionais e regulatórios, compreendendo aspectos distintos, tais como normas de produção, comercialização e consumo de organismos geneticamente modificados, princípios de biossegurança, pesquisas com células-tronco, direitos de propriedade intelectual e acesso aos recursos genéticos. Este conjunto de temas vai determinar o delineamento da atmosfera institucional intrínsecos à dinâmica do desenvolvimento da biotecnologia. O Brasil recentemente alcançou destaque por recentes realizações neste campo, e tem atualizado sua legislação, a exemplo da Lei de Biossegurança, buscando contribuir para a construção de um ambiente apropriado para a biotecnologia no País, bem como, o governo brasileiro difundiu recentemente sua nova Política para a Biotecnologia, com a proposta de fomentar novos investimentos e negócios. O presente artigo analisa esta situação e procura apontar os aspectos que devem ser incentivados no sentido de promover as condições organizacionais e institucionais para o avanço no Sistema Nacional de Inovação em Biotecnologia no Brasil.