Considerando a utilização de bases administrativas na vigilância epidemiológica, propõe-se aqui avaliar a adequação do Sistema de Informações Hospitalares do Sistema Único de Saúde (SIH-SUS) na identificação dos casos de doença hemolítica perinatal ocorridos no Instituto Fernandes Figueira, Fundação Oswaldo Cruz (IFF/FIOCRUZ), entre 1998 e 2003. Foram analisadas informações disponibilizadas pelo Serviço Neonatal, pelo Arquivo Médico e os dados da Autorização de Internação Hospitalar (AIH) consolidados no SIH-SUS. A identificação dos casos de doença hemolítica perinatal se deu através dos campos Diagnóstico Primário, Diagnóstico Secundário e Procedimento Realizado. Nesse período, 194 neonatos foram diagnosticados com doença hemolítica perinatal. No Arquivo Médico, 148 casos foram registrados, porém apenas 147 AIHs foram emitidas e 145 consolidadas no SIH-SUS. Entre essas, 84 AIHs arrolavam a doença hemolítica perinatal como Diagnóstico Primário; considerando também o Diagnóstico Secundário, mais 38 casos foram identificados; e nenhum caso adicional foi recuperado pelo Procedimento Realizado. Assim, o SIH-SUS identificou apenas 122 (62,9%) dos 194 neonatos com doença hemolítica perinatal assistidos no IFF/FIOCRUZ. Mesmo que ainda requerendo uma reavaliação em outros hospitais, a utilização do SIH-SUS no monitoramento da doença hemolítica perinatal não parece recomendável. Estudos ancilares são necessários quando do emprego de dados secundários nesse contexto.