Nos últimos quinze anos, as instituições públicas de pesquisa, nacionais e internacionais, vêm enfrentando diversos desafios: redução de recursos financeiros, surgimento de novos campos do conhecimento, alterações nas políticas que definem o papel do Estado, riscos e oportunidades decorrentes de maior abertura para o ambiente externo, entre outros. Várias instituições têm procurado interagir com seu ambiente externo adotando estratégias que variam desde a privatização de ativos, passando pela mudança de formato jurídico, por mudança de organogramas e implementação de políticas explícitas de relacionamento com outros agentes dos sistemas de inovação. No presente trabalho, é feita uma análise da adequação da estrutura organizacional de duas instituições públicas de pesquisa, Embrapa e Fiocruz, às mudanças em curso no ambiente externo. Na percepção dos autores, o grande desafio a ser enfrentado pela Fiocruz diz respeito à concretização do potencial representado pela complementaridade das suas diversas funções, a partir de um processo de articulação intra-institucional. Já para a Embrapa coloca-se o desafio de articular uma estratégia empresarial voltada para o incremento de receitas e o cumprimento da missão institucional, e também delimitar áreas de competência, fomentar parcerias multiinstitucionais e "lapidar" seu sistema de planejamento.