Introdução: Um estudo conduzido no INCQS com medicamentos injetáveis encaminhados para análise fiscal identificou um percentual de perdas (análise não realizada) considerado excessivo. Uma tentativa então foi feita para identificar fatores associados a estas perdas. Métodos: A existência de irregularidades na apreensão do medicamento (variável dependente) foi investigada com relação à região de origem, motivo da apreensão e classificação ATC do medicamento (variáveis independentes). Resultados: A região Norte contribuiu com apenas 2,2% do total de medicamentos encaminhados, 50% dos quais não puderam ser analisados. Apenas 1,4% dos medicamentos encaminhados pela região Centro-Oeste apresentaram irregularidades na apreensão. Conclusão: A eficiência da implementação de um programa de qualidade na Vigilância Sanitária do estado de Goiás foi detectada na etapa analítica, permitindo ao laboratório completar o ciclo de fiscalização.