O Programa Saúde na Escola (PSE) possui o potencial de colaborar para a mitigação das doenças negligenciadas e foi integrado ao Plano Brasil sem Miséria (BSM), no eixo de acesso aos serviços públicos. Ao mesmo tempo, um bilhão de pessoas no mundo são afetadas pelas doenças negligenciadas. Sob o enfoque qualitativo, esta pesquisa objetivou promover um diagnóstico dos documentos de referência sobre o PSE, as doenças negligenciadas e o BSM e propor uma estratégia educativa sobre as doenças negligenciadas em áreas trabalhadas pelo BSM. Para a consecução dos objetivos propostos ao projeto foram empregadas as metodologias de (i) análise de documentos, (ii) entrevista semiestruturada junto aos gestores municipais do PSE e (iii) realização de oficinas dialógicas. A partir da análise documental recomendamos: (i) pontos a serem melhorados para uma agenda integrada e com sinergia de propostas relacionando as estratégias sobre as doenças negligenciadas no âmbito do PSE e BSM; (ii) propostas de formação para os profissionais que atuam no PSE e; (iii) a explicitação da importância da abordagem das doenças negligenciadas no contexto do PSE, principalmente nas áreas prioritárias do BSM. A universalização do PSE revelou-se como importante avanço no período abarcado pela pesquisa. Reunimos e examinamos também 24 propostas curriculares. Os resultados apontaram que somente nove destes currículos abordaram as doenças negligenciadas como conteúdos de relevância e persiste a ideia de que a saúde é um bem estritamente biológico ou produto de ações prescritivas e ganhos cognitivos. Na visão dos gestores entrevistados emergiram como pontos críticos (i) a alternância de temas a serem trabalhados no PSE, (ii) a verticalização do diálogo entre as três esferas governamentais, (iii) a ausência de recursos educativos e (iv) a necessidade de maior abordagem sobre a tuberculose, hanseníase e geohelmintoses. A realização de oficinas durante as expedições científicas realizadas em Rio Branco (AC) e Manguinhos (RJ) viabilizaram a construção de dois materiais educativos (protótipos) a serem divulgados online com os passos da estratégia proposta. Além disso, construímos também como produto uma Nota Técnica com orientações destinadas ao aprimoramento da abordagem do tema das doenças negligenciadas no espaço escolar e no âmbito do PSE.