Ao identificar as inovações introduzidas na gestão do Sistema Nacional de Vigilância Sanitária (SNVS) na última década, este estudo analisa suas estratégias e diretrizes as relacionando com a agenda política governamental e sua missão constitucional. Para tal, foram aplicados o modelo de análise e as variáveis propostas por Souza e Contandriopoulos (2004)1 para avaliação da utilização do conhecimento científico no processo decisório (Acessibilidade, disponibilidade, validade, características do contexto científico). Busca, assim, compreender o contexto político e científico que conforma o ambiente no qual o conhecimento científico é priorizado na gestão do SNVS, observando os seguintes aspectos: decisões políticas e conhecimento científico; características dos formuladores de política e de suas instituições; características dos pesquisadores; características das instituições científicas; discursos dos policy makers e dos pesquisadores. Neste processo, foram privilegiados documentos de diretrizes para o SNVS, como o ‘Protocolo das Ações de Vigilância Sanitária (2005)’ 2 e o ‘Plano Diretor de Vigilância Sanitária (2007)’ 3 , assim como a produção científica, cujo foco está na análise da totalidade de artigos em publicações classificadas como Qualis A no campo da saúde pública (20 artigos) e das teses de doutorado na mesma área (85 teses), ambos identificados pela palavra chave “vigilância sanitária” em busca por expressão completa no Portal de Periódicos da Capes, na última década (1999-2009). O objetivo é analisar o foco dado ao conhecimento científico na gestão do SNVS, identificando suas principais estratégias, a produção científica e a rede de atores e refletindo sobre as tensões induzidas pela agenda política indutora da incorporação dos pressupostos do complexo industrial da saúde às suas diretrizes, centradas na promoção e proteção da saúde. Como resultado, no estudo das relações entre atores, com base na aplicação do Software ORA (Organizational Risk Analyzer), próprio às análises de redes sociais, foi identificada a rede de autorias em vigilância sanitária composta de quatro (04) estruturas distintas. Nestas comunidades, se destacam as instituições de ensino e pesquisa selecionadas pela Anvisa como Centro Colaborador de Vigilância Sanitária (Cecovisa): Fiocruz, USP, UFBA e UFMG. Na distribuição temática das publicações científicas por ramo de atividades da vigilância sanitária, entre os artigos, se destacam os estudos em vigilância de medicamentos com 25% da produção e nas teses de doutorado, os estudos em vigilância de alimentos com 29,5%. Mas, em ambas as publicações foram observadas maior convergência com o Eixo IV de diretrizes do SNVS/PDVISA – Produção de Conhecimento, Pesquisa e Desenvolvimento Tecnológico. Foi detectada a existência de um ambiente facilitador do acesso e da disseminação do conhecimento científico no SNVS, que prioriza a aproximação entre instituições de ensino e pesquisa e serviços de vigilância sanitária. As diretrizes e estratégias formuladas na gestão do SNVS vão ao encontro da agenda política governamental, na busca de uma relação virtuosa entre política de saúde e fortalecimento do complexo industrial de saúde, pois orientam para uma ação pautada em pesquisa e desenvolvimento tecnológico em vigilância sanitária. No entanto, na análise das publicações, foi observado que a temática ‘Complexo Industrial da Saúde’ não foi contemplada, revelando um paradoxo ou, minimamente, um descompasso entre a produção acadêmica da área e a agenda política setorial, com explícita tensão derivada da pressão no SNVS, particularmente direcionada à Anvisa, para atender às prerrogativas da política de desenvolvimento produtivo.