A partir do reconhecimento de que as Instituições Científicas e Tecnológicas devem empreender esforços para uma gestão estratégica e inovadora, e de que uma das missões da Fiocruz é a de fornecer respostas às demandas do Complexo Produtivo da Saúde, opresente trabalho pretendeu contribuir para o aperfeiçoamento do Sistema dePlanejamento Estratégico e para a melhoria da gestão estratégica da instituição, em sintonia com as exigências e desafios que se impõe às Instituições Científicas e Tecnológicas do país no sentido de contribuir para o fortalecimento do Sistema Nacional de Inovação em Saúde. O objetivo desta dissertação foi a de analisar e discutir a dinâmica de inovação na Unidade de produção de imunobiológicos da Fiocruz ao longo do período 2002-2005,buscando maior conhecimento acerca dos fatores e dos efeitos da inovação emimunobiológicos, que sirva de alicerce para aperfeiçoar o Sistema de planejamento da Fiocruz, através da incorporação de estratégias promotoras da difusão da inovação no CPS. Com esta finalidade, foram analisadas a gestão estratégica, as atividades e os esforços de inovação empreendidos na Unidade de produção de imunobiológicos da Fiocruz, e as diretrizes e orientações emanadas pela Diretoria de Planejamento da Fiocruz - DIPLANpara a elaboração dos planos das Unidades neste período, verificando a conexão entre as estratégias empreendidas pela Unidade e as priorizações estratégicas emanadas pelaDIPLAN. A partir do diálogo entre a base teórica (Planejamento Estratégico Situacional-PES, Teoria das Configurações, Visão Posicional de Planejamento Estratégico e Economia daInovação) e os resultados obtidos pelas análises foram feitas recomendações e sugestões de melhorias incrementais para a gestão estratégica de Bio-Manguinhos e para o aperfeiçoamento do Sistema de Planejamento Estratégico da Fiocruz.