Este texto se originou de uma apresentação que proferi no seminário "Médicine, science et santé dans les rapports Brésil-France: présent, passe et futur" realizado pela Fiocruz e pelo Instituto Pasteur em 2005, como um dos eventos do Ano Brasil na França. Embora seja uma reflexão bastante preliminar, acredito que sua publicação seja interessante à medida que possibilite pensar de forma integrada a trajetória das instituições biomédicas de São Paulo. Discutiremos alguns aspectos da trajetória institucional dos Institutos Pasteur de São Paulo e Butantan, abordando seu contexto de criação, seu desenvolvimento e as crises por que passaram ainda na primeira metade do século XX. Iniciaremos apresentando, de forma comparativa, a trajetória das duas instituições, ressaltando a grande ampliação de suas atividades nas primeiras décadas do século XX. Em seguida observaremos o desenvolvimento das instituições privadas voltadas para a fabricação de produtos biológicos e outros medicamentos e analisaremos comparativamente o desenvolvimento dessas últimas simultaneamente às dificuldades vividas pelas duas primeiras. Por fim, nos voltaremos para o processo de consolidação institucional do Pasteur e do Butantan no contexto mais recente de expansão das ações profiláticas de saúde pública.