Novas tecnologias, como o sistema isolador para ensaios de esterilidade vieram a contribuir com a incorporação de um melhor desempenho destes ensaios no controle de qualidade das indústrias farmacêuticas. Este trabalho teve como objetivo a verificação do processo de biodescontaminação dentro do sistema isolador de BioManguinhos, utilizado como agente esterilizante o gás de peróxido de hidrogênio. Foram utilizadas como biocarga para redução de contaminação microbiológica três concentrações dos microrganismos, Candida albicans ATCC 10231, Clostridium sporogenes ATCC 11437 e Micrococcus luteus ATCC 9341, impregnadas em discos de filtro de celulose. Os estudos de cinética de crescimento dos microrganismos foram realizados para um melhor entendimento do seu metabolismo, bem como aspectos gerais de crescimento que contribuíram para ressaltar que a Candida albicans inicia sua fase exponencial de crescimento na segunda hora do cultivo e finaliza esta etapa na sexta hora do cultivo, com produção máxima de células viáveis, fato observado também no microrganismo Micrococccus luteus. Para o cultivo do Clostridium sporogenes o crescimento foi mais lento com uma curva de crescimento com 60 horas de cultivo total. A produção de maior número de células para o Clostridium foi alcançada na vigésima quarta hora de cultivo, assim como a maior produção de esporos. Foi estabelecida, ao longo da curva de crescimento, a relação entre densidade ótica e número de células viáveis, relação essa importante para o estabelecimento das condições do estudo em relação à biocarga empregada de cada microrganismo no momento do desafio no sistema isolador. A capacidade de descontaminação avaliada dentro do sistema isolador com o biocida peróxido de hidrogênio revelou o tempo de exposição ao gás de 10 minutos, como resultado final satisfatório apresentando redução total da carga microbiana com destruição total das células viáveis, assim como as formas esporuladas do Clostridium sporogenes. Desta forma conclui-se que o peróxido de hidrogênio é um biocida de eficácia comprovada, nas variáveis deste estudo e o processo de descontaminação no sistema isolador de Bio-Manguinhos é compatível com sua atividade finalística na produção de insumos para a saúde.