Nos últimos anos o mundo está passando por uma revolução tecnológica e uma nova dinâmica do capitalismo internacional a globalização, que afeta profundamente todos os países e em particular o Brasil, bem como suas instituições públicas de pesquisa e laboratórios oficiais de produção de medicamentos. Essas mudanças redefiniram o papel do Estado e sua participação no cenário do Complexo Industrial da Saúde. Com isso, o setor público produtivo enfrenta significativos desafios, que o obrigam a estar preparado para atuar nesse novo ambiente. A Fundação Oswaldo Cruz, instituição centenária no setor saúde, tem buscado transformar-se e adequar sua organização perante esse novo papel. Foram verificadas as interfaces do sistema de planejamento com uma unidade de produção de insumos estratégicos em saúde (medicamentos) Instituto Tecnológico em Fármacos Farmanguinhos, mediante um mapeamento das associações das estratégias existentes na Fiocruz, entre a Diplan, a cúpula da instituição e a unidade, tendo em vistaa capacidade de a unidade antecipar e refletir a estratégia real seguida pela instituição no período de 2001-2005. Os objetivos foram (i) visualizar as mudanças ocorridas; (ii)conhecer os caminhos da estratégia da Fiocruz, as estratégias eselecidas, a evolução obtida no planejamento institucional, fazendo uma avaliação do sistema de planejamento, verificando sua anatomia, mecanismos de funcionamento e se asalterações ocorridas contribuíram para o fortalecimento da capacidade administrativa e gerencial da instituição; (iii) examinar os novos conceitos que permitam proporcionar vantagens competitivas, de modo a criar e sustentar um desempenho superior no cenário do complexo industrial da saúde, para as organizações de Ciência e Tecnologia e Inovação; e, por fim, (iv) eselecer uma proposta com recomendações para a organização.