A criptosporidiose é causada por espécies de protozoários do gênero Cryptosporidium, apresentando distribuição mundial, ocorrendo nos seres humanos e em várias espécies de animais domésticos e silvestres, possuindo importância em saúde pública e veterinária. O estudo teve como objetivo avaliar a ocorrência de Cryptosporidium spp. nos animais capturados no Campus Fiocruz da Mata Atlântica, situado em região de transição entre área de mata nativa e antropizada, com marcante interação entre seres humanos e animais domésticos e silvestres. Foram coletadas 55 amostras de fezes de animais, sendo 46 de cães domésticos (Canis lupus familiaris), cinco de gambás-de-orelha-preta (Didelphis aurita) e quatro pools de fezes de galinhas de capoeira (Gallus gallus domesticus). As amostras de cães domésticos e os pools de fezes de galinhas de capoeira foram analisadas por meio das técnicas ELISA e qPCR. Na técnica ELISA, a positividade foi de 6,52% (3/46) entre as amostras caninas e nenhum pool de fezes das galinhas de capoeira foi positiva. Na qPCR, 10,86%(5/46) das amostras caninas e 75%(3/4) dos polls de fezes de galinhas de capoeira apresentaram positividade. Enquanto que nas amostras de gambás analisadas pela qPCR apresentaram 80% (4/5) de positividade. Os resultados apresentados no presente estudo, demostraram a presença de Cryptosporidium spp. em fezes de animais domésticos e silvestres de área antropizada de Mata Atlântica e indica uma maior capacidade de detecção para pesquisa de Cryptosporidium spp. pela técnica qPCR, quando comparada a técnica ELISA.