A partir da análise do sistema de planejamento, analisar como se dá a gestão estratégica na Fiocruz, buscando identificar as possíveis limitações que culminaram nas dificuldades de monitoramento e avaliação do desempenho institucional presentes ainda hoje, com vistas a manter o valor histórico destes momentos para auxiliar na reflexão de modelos de gestão do desempenho institucional. Foi necessário descrever o processo de planejamento, monitoramento e avaliação das atividades da Fiocruz a partir do modelo de planejamento implantado; descrever o papel da Diretoria de Planejamento da Fiocruz – Diplan - como componente da tecnoestrutura da organização na assessoria da gestão estratégica institucional, segundo o modelo proposto por Mintzberg (2004); discutir os elementos políticos e culturais que interferem nas diretrizes institucionais e no sistema de avaliação e monitoramento. A pesquisa é de caráter descritivo e os procedimentos técnicos para a realização do estudo se constituíram de fonte documental e bibliográfica. A Diplan, apesar de deter tecnicamente informações sobre as áreas de atuação de cada unidade e ter um olhar sistêmico sobre a instituição pela natureza do trabalho que realiza, pouco pode fazer uso destas análises para fins de subsidiar a alta direção com informações de relevância para traçar novos rumos para instituição. É necessário que estas análises sejam ratificadas e/ou construídas em conjunto com os atores envolvidos. O sistema de governança da Fiocruz, complexo pelas estruturas existentes, consultivas e deliberativas, de grande dimensão e diversidade cultural, política, estratégica, além dos grupos de trabalho, colegiados de gestão, câmaras técnicas, interferem em uma estrutura final de documento que possibilite dar foco nas estratégias necessárias ao alcance dos objetivos e nos rumos institucionais. O sistema de avaliação de desempenho institucional imposto pelo governo federal, em evolução, ainda não é o melhor modelo para mudar a cultura da organização em relação à necessidade de melhor evidenciar o compromisso com os seus resultados. Recomenda-se a rediscussão do papel da Diplan como ator na assessoria à formulação estratégica e sua implementação, monitoramento e avaliação e a reavaliação do papel do sistema de governança da Fiocruz na elaboração técnica do plano estratégico institucional.