O artigo apresenta o resgate do processo de institucionalização das práticas de saúde em uma unidade da Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz) compreendendo as distintas abordagens das relações saúde-trabalho. Trata-se de estudo de caso desenvolvido por meio de pesquisa documental e entrevistas semiestruturadas, utilizando análise de conteúdo. Constatam-se dificuldades em adequar as formas de regular o trabalho com os princípios do campo da Saúde do Trabalhador devido à carência de integração de ações, uniformização técnica e troca de saberes. Conclui-se que há necessidade de políticas institucionais favorecendo espaços para ampla participação dos trabalhadores em todos os processos para o cuidado de sua saúde e segurança.