O presente trabalho analisa como ocorreu a incorporação da força de trabalho na Fiocruz, nas macro-funções institucionais - pesquisa, ensino, assistência e produção -, no período de 2002-2006, sua estrutura de gastos, e a relação de investimento em pessoal e capital que estão sendo realizados pela Fiocruz, tendo como parâmetro uma Instituição de C&T em Saúde, visando a sua adequação às metas finalísticas e ao cumprimento da sua missão institucional. Ao longo da pesquisa, buscou-se entender como ocorreu a incorporação da força de trabalho na Fiocruz no período 2002-2006, num contexto de reformas do Estado brasileiro, da globalização e do novo paradigma técnico-econômico, que levaram a mudanças nas relações de trabalho e no perfil da força de trabalho, e analisar o investimento que a instituição vem realizando nesta área, dentro dos parâmetros utilizados na área de P&D. A partir da análise da política de redução dos contratos terceirizados, que vem sendo adotada pelo governo federal e implantada na Fiocruz, foi possível identificar que a Instituição vem gradualmente aumentando seu quadro próprio de pessoal, com o qual ela tem o compromisso de gestão e um vínculo direto e reduzindo o quadro de terceirizados e cooperativados, força de trabalho por definição, gerida por terceiros. Do ponto de vista da distribuição dos recursos humanos, do conjunto de 7110 trabalhadores da Fiocruz, hoje, cerca de 40% estão lotados nas áreas de Produção e Infra-estrutura, onde também concentra-se o maior percentual de trabalhadores não pertencentes ao quadro próprio de pessoal, evidenciando-se um protagonismo destas áreas no conjunto da força de trabalho. Em contrapartida, do ponto de vista orçamentário, os dados revelam um grande investimento em recursos humanos nas áreas de ensino, pesquisa e assistência e um baixo investimento na área de produção. A partir dos resultados obtidos foi possível propor medidas estratégicas, que podem contribuir para aperfeiçoamento da gestão do trabalho na Fiocruz, de forma a aumentar sua competitividade e sua capacidade de conhecimento e inovação.