As ações desenvolvidas por uma área de Auditoria Interna têm o papel de verificar o desempenho da gestão de uma organização, atuando de forma preventiva e orientadora, transformando-se em mais um instrumento de apoio ao processo decisório. O controle, objeto principal de uma área de auditoria interna, vem sofrendo mudanças, acompanhando as transformações na gestão das organizações em um mundo globalizado. Este estudo tem por objeto as ações de um setor de Auditoria Interna realizadas em uma Instituição Pública de Ciência e Tecnologia em Saúde, considerando todo arcabouço de normas e legislações que regem o tema na Administração Pública Federal. Neste trabalho foram analisadas as ações de controle realizadas pelo setor de Auditoria Interna e órgãos de controle externo na Fundação Oswaldo Cruz, nos últimos seis anos. Para isso foram realizados levantamentos documentais e bibliográficos, além da aplicação de questionários e entrevistas ao público alvo do setor de Auditoria Interna: os gestores da Fundação Oswaldo Cruz. O acompanhamento e a orientação aos gestores são funções importantes de um setor de Auditoria Interna, principalmente se considerarmos a obrigatoriedade desses profissionais de prestar contas de suas ações. A análise demonstrou a importância de uma atuação da Auditoria Interna voltada para a prevenção, acompanhamento e orientação junto aos gestores. Também demonstrou a importância de um trabalho de auditoria em consonância com os objetivos da Instituição. Como resultados da pesquisa foram sugeridas algumas ações relativas à organização, ao trabalho e ao ambiente interno e externo do setor de Auditoria Interna, além de um esboço para um futuro estudo acerca de um trabalho de auditoria voltado para avaliação de desempenho e/ou resultados.