A pesquisa trata da relação da Fiocruz com o Congresso Nacional tendo como agenda política o Complexo Econômico Industrial da Saúde (CEIS). O objetivo geral é analisar a interface da agenda de desenvolvimento do CEIS com o Poder Legislativo, para tanto, buscou-se explorar as estruturas e processos de relacionamento da Fiocruz com o Congresso Nacional, sistematizar e analisar o papel da Fiocruz e do Poder Legislativo no desenvolvimento do CEIS a partir da resposta à pandemia de covid-19, e propor subsídios para a melhoria da atuação da Fiocruz com o Poder Legislativo no âmbito do CEIS. Foram realizadas entrevistas semiestruturadas com atores-chave do Congresso e da Fiocruz de forma a verificar como se dá o diálogo institucional, bem como análise documental para avaliar a influência do Poder Legislativo Federal no CEIS ao longo do período de estudo e os marcos legais estruturantes de sua conformação. O trabalho parte da visão Schumpteriana sobre inovação, passa pelo Sistema Nacional de Inovação em Saúde para se ater ao CEIS como objeto de estudo e o papel do Legislativo na formulação das políticas públicas que o sustentam. A partir dos resultados identificados foi possível ter uma primeira aproximação de como se dá o relacionamento Fiocruz-Congresso Nacional, discutir o papel tanto da Fiocruz quanto do Congresso no fortalecimento do CEIS e estabelecer propostas concretas de melhoria desta relação de forma a potencializar a capacidade da Fiocruz de contribuir com as políticas públicas do setor.