Este trabalho tem como objetivo oferecer elementos para a discussão atual sobre inovação focalizando duas experiências na história de nosso desenvolvimento científico e tecnológico: as vacinas contra a hepatite B (HB) e contra a meningite (Haemophilus influenzae tipo b Hib), geradas, respectivamente, no Instituto Butantã e em Bio-Manguinhos, unidade técnico-científica da Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz) responsável pela produção industrial de imunobiológicos. A análise dessas experiências oferece balizamentos críticos para a reflexão sobre o desenvolvimento científico e tecnológico na área de vacinas, bem como sobre o papel das lideranças e modelos institucionais adotados até o presente, sugerindo-se a necessidade de elaboração de uma nova política de C&T capaz de superar as barreiras da dependência e construir uma capacitação tecnológica local como fonte básica de competitividade e desenvolvimento em saúde.