O desenvolvimento acelerado da ciência a partir dos anos de 1950, teve como resultado uma nova estruturação da pesquisa científica que deixou de ser uma atividade individual para se tornar uma atividade multidisciplinar, com utilização de tecnologias cada vez mais sofisticadas. A transformação do empreendimento científico aumentou de forma significativa o custo da pesquisa científica que, ao final do século XX, é financiada por governos ou grandes grupos financeiros. Associado a isto, a nova ordem econômica que se estabelece no mundo a partir do final dos anos 1980, deslocou a base do sistema econômico internacional de um modelo baseado em bens materiais, que dominava desde o início do capitalismo, para um modelo baseado em bens imateriais onde a riqueza das nações é medida pela sua capacidade de gerar conhecimentos e tecnologias. Esse novo modelo, baseado no conhecimento, é por alguns denominado Sociedade do Conhecimento e por outros Sociedade da Informação, uma vez que o instrumento fundamental para sua viabilização é a Informação. Nesse contexto a formulação de agendas de pesquisa tornou-se, a partir das últimas décadas do século XX questão fundamental para governos e instituições de pesquisa que destinam recursos importantes para a pesquisa científica e tecnológica. No Brasil, algumas iniciativas têm buscado, a partir da década de 90, estabelecer agendas de pesquisa. No setor saúde essas iniciativas, que iniciaram em 1994 com a primeira conferência de C&T em Saúde, não se consubstanciaram em programas claros para a definição de prioridades de pesquisa em saúde. Para estudar como as instituições de saúde definem, ou não, suas agendas de pesquisa, analisamos a produção acadêmica da Fundação Oswaldo Cruz no período 1989 a 2004 que é constituída por 1234 dissertações de mestrado e 446 teses de doutorado, um total de 1680 trabalhos. Comparando com as diretrizes e prioridades formuladas por organismos internacionais como os Objetivos de Desenvolvimento do Milênio das Nações Unidas, as prioridades definidas pela OMS e pela OPS, e considerando as diretrizes, muitas vezes não explicitadas como tal, do Ministério da Saúde a Fiocruz tem um padrão de pesquisa voltado para as principais questões de saúde do país. Essas análises executadas na perspectiva da Ciência da Informação permitem verificar a importância das políticas de informação para a execução de pesquisa científica, como também para a formulação de agendas de pesquisa em saúde. A formação de redes de pesquisa está baseada em uso intensivo de informação em várias de suas dimensões. Na formulação de agendas de pesquisa, a informação deve ser construída a partir de dados epidemiológicos e da expectativa da população sobre a agenda a ser executada. A informação é instrumento fundamental para a avaliação e sustentação da agenda de pesquisa pois a sua legitimidade é fruto de permanente negociação com os diversos segmentos da sociedade, seja a comunidade científica, os formuladores de políticas, os tomadores de decisão e a população.