Objetivo: Esse estudo pretende verificar se os laboratórios que recebem maior dotação orçamentária no atual modelo de distribuição orçamentária no Instituto Oswaldo Cruz (IOC) atendem à maioria dos principais critérios de eficiência de projetos e orçamentária. Ainda, propor um novo modelo que seja voltado para governança para resultados. Metodologia: A pesquisa dividiu-se em dois estudos: um para verificar o grau de maturidade do instituto em governança para resultados a partir da aplicação de um questionário fechado e semi-estruturado; o outro visava verificar a eficiência dos projetos por análise de clusters aplicada aos laboratórios de pesquisa do IOC. Resultados: Foi demonstrado que o grau de maturidade do IOC em termos de governança para resultados ainda é muito aquém do ideal. Além disso, pôde-se aferir que poucos são os laboratórios que atendem a três ou mais critérios de eficiência global, e que os maiores recursos distribuídos pelo modelo atual não refletem nos projetos/laboratórios mais eficientes. Limitações: As principais limitações dessa pesquisa estão em estudar apenas os laboratórios de pesquisa do IOC, e analisar os dados da última gestão da Diretoria (2012-2016). Contribuições práticas – Ao utilizar o novo modelo de distribuição orçamentária, o instituto estará mais voltado: a gestão para resultados, à melhor aplicação dos recursos públicos, à qualificação dos resultados, à avaliação constante de eficiência dos projetos e laboratórios, à disponibilização de dados para tomada de decisão e implementação de correção de rumos. Contribuições sociais: Apresentação da tabela AHP e estímulo a sua utilização por outros entes da Administração Pública, fomento a novos estudos sobre efetividade dos projetos e sobre inclusão da sociedade como partícipe das redes de colaboração nacionais ou internacionais. Originalidade: Esse é o primeiro modelo que está alinhado à teoria sobre orçamento por desempenho, que observa os cenários de passado, presente e futuro com isonomia de critérios de avaliação, priorizando os valores gerados como indutores de competitividade e inovação em pesquisa em saúde.