Com a adoção da gestão orientada para resultados na Fiocruz nos anos 90, os demonstrativos característicos do modelo de acompanhamento da execução orçamentária sob a ótica da gestão de processos foram complementados por estimativas das despesas por objetivos, desde então requeridas dos planos estratégicos submetidos ao Conselho Deliberativo da Fundação pelos Institutos (PA). Quanto ao Ipec, implantou as subestruturas de pesquisa clínica associada à assistência em 1999 e, em 2004, iniciou o Projeto de Avaliação e Acompanhamento - Indicadores de Gestão (PAA-IGs), devotado ao desenvolvimento de dois modelos: um, de levantamento, em nível de microcustos, das despesas inscritas nos orçamentos do Ipec e da Administração Central da Fiocruz, e de apuração, pelo método de Custeio Baseado em Atividades, dos custos unitários efetivos das ações integradas de pesquisa clínica associada à assistência do Ipec (PAI); e, o segundo, de análise de eficiência destas ações no uso de recursos.