A importância dada para a gestão estratégica de uma instituição pública possibilita a ela oferecer melhores serviços à sociedade e justifica a sua existência. Desenvolver uma proposta de melhoria para a gestão estratégica da Casa de Oswaldo Cruz (COC) passa pela análise dos processos atuais de planejamento e gestão da estratégia, pela comparação desses processos a um modelo de referência e pelo uso de ferramentas de gestão que mobilizem toda a sua estrutura organizacional. Para tanto, foi realizada pesquisa documental em manuais, planos e relatórios institucionais da COC e da Fiocruz e pesquisa bibliográfica em trabalhos de autores que abordam os temas de Estratégia, Planejamento Estratégico e Gestão Estratégica. Como resultado do trabalho foram elaboradas propostas que aplicam princípios do Balanced Scorecard em um sistema gerencial estruturado como um processo contínuo e evolutivo de gestão da estratégia, alimentado por informação estratégica qualificada, que deverá ser divulgada e compreendida por todos. O resultado deste trabalho poderá ser aplicado para as demais unidades da Fiocruz e outras instituições, públicas ou privadas, com as adaptações adequadas a cada caso.