A qualidade das aquisições públicas depende, em sua essência, de um modelo de gestão que conduza a iniciativas estratégicas que promovam o engajamento de todos os segmentos funcionais, propiciando melhor relação entre as atividades intermediárias e as finalísticas de uma organização, a partir do cumprimento de metas estabelecidas quanto aos processos internos, à valorização dos profissionais, à economicidade e à transparência. Neste trabalho examinam-se os aspectos fundamentais que envolvem o Planejamento Estratégico e as compras públicas no âmbito das Instituições de Ciência e Tecnologia, incluindo as prerrogativas legais a elas inerentes, a partir de uma abordagem qualitativa, com o objetivo de evidenciar as ações executadas pelos atores que integram e interagem com a Seção de Compras (SECOMP) do Instituto Gonçalo Moniz – unidade da Fundação Oswaldo Cruz, em consonância ao planejamento estratégico institucional. O modelo de estudo proposto como estratégia e meio de investigação contemplou a análise de conteúdo através da coleta de dados mediante análise documental e pesquisa de campo com entrevistas e questionário, baseando-se em perspectivas e vertentes teóricas importantes à compreensão da gestão estratégica em compras públicas, consideradas fundamentais para analisar o problema e cumprir o objetivo do trabalho. Os dados encontrados apontam que a SECOMP gerencia seus processos visando promover resultados alinhados ao PEI em termos de instrução processual, instrumentos de comunicação para o fluxo de informações e uniformização dos procedimentos, utilização de recursos tecnológicos e estratégias de aquisições com melhor qualidade em menor tempo, incrementando a transparência, a economicidade e o desenvolvimento das potencialidades produtivas e de liderança, ainda que exista a necessidade de aperfeiçoar a apuração e correção de entraves no processamento das compras públicas. A partir desses resultados, conclui-se que, em paralelo aos postulados teóricos utilizados no decorrer da dissertação, um planejamento estratégico organizacional que conduza à modernização no campo das compras públicas, a exemplo do Balanced Scorecard, parte de um processo contínuo de definição e revisão de objetivos e meios de intervenção para que as informações sejam adequadas, uniformes e confiáveis, além de uma estrutura operacional otimizada, impactando no desempenho organizacional e trazendo inovação nessa área. Algumas limitações observadas quanto ao número de respostas dos requisitantes obtidas com o questionário proporcionaram certa fragilidade na fundamentação das percepções desses atores nas práticas organizacionais relacionadas às compras. Ressalta-se que as limitações sejam superadas mediante futuras investigações, estendendo-as às demais unidades da FIOCRUZ, bem como em outras instituições de ciência e tecnologia, com um perfil organizacional similar ao IGM, proporcionando novas evidências quanto à influência das compras públicas no desempenho institucional.