O presente trabalho tem como objetivo central fornecer subsídios para o aperfeiçoamento do modelo de gestão do Programa de Desenvolvimento Tecnológico em Insumos para a Saúde (PDTIS) da Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz). Evidenciou-se que pelos esforços em direção à mudança cultural e ao trabalho na forma de redes cooperativas, à integração das áreas de pesquisa, desenvolvimento e produção e ao apoio e estímulo à pesquisa aplicada com vistas a geração de produtos e processos com impacto na Saúde Pública, o Programa PDTIS tende a contribuir, na medida da superação dos entraves existentes, na geração de inovações no âmbito da Fiocruz. As discussões realizadas, balizadas pela literatura, entrevistas, estudo do caso do PDTIS e observação da expriência do Núcleo de Planejamento e Gestão de Projetos (NPGP) do Instituto de Tecnologia em Fármacos (Far-Manguinhos) da Fiocruz, indicaram que a adoção dos conceitos e práticas da gestão estratégica de P&D e da gestão de projetos de pesquisa voltados ao desenvolvimento tecnológico, que envolvem estre outros aspectos o direcionamento de investimentos a partir da definição de prioridades e de estudos de viabilidade dos projetos, tendem a contribuir para o aperfeiçoameto do modelo de gestão do Programa, minorando alguns entraves e potencializando o alcance dos objetivos pretendidos.