Esta pesquisa investiga como ocorre a gestão de porta-fólio dos projetos de inovação em uma Instituição Pública de Pesquisa em Saúde, ilustrada pelo caso das unidades de produção da Fiocruz. Utilizou-se na investigação elementos de análise propostos pela metodologia da Démarche Stratégic (gestão estratégica), que supõe a adaptação de um enfoque empresarial para o setor público de serviços em saúde. A avaliação estratégica dos projetos ocorre nas dimensões: valor (atratividade) dos projetos de P&D e posição concorrencial e calcada no modelo McKinsey, que leva em conta competências distintivas, interesses próprios e vontades da Instituição, sendo adequada à Fiocruz, que possui atividades interligadas e se defronta com possibilidades na escolha de oportunidades atuais ou novas (diversificação) aplicadas à saúde. Por ser um modelo que integra os conceitos de sinergia e barreiras à entrada, facilita opções estratégicas; contudo, o diagnóstico que o instrumento de análise aponta é muito mais relevante que definir estratégias específicas. Os resultados indicam a necessidade de considerar a incorporação de critérios adicionais no modelo qualitativo, tais como: regulação governamental de mercado, proteção patentária, vantagem de custo, capacidade gerencial e acesso privilegiado às matérias-primas.