Introdução: As infecções respiratórias agudas (IRAs) constituem importante causa de morbidade e mortalidade em crianças nos países em desenvolvimento. A etiologia viral dessas infecções nem sempre é conhecida no Brasil, e estudos sobre as IRAs virais em crianças com doenças de base (DBs) são escassos. Objetivo: Determinar a etiologia viral dessas infecções em menores de 5 anos assistidos no Instituto Fernandes Figueira da Fundação Oswaldo Cruz (IFF/FIOCRUZ), Rio de Janeiro. Método: Foram analisadas 285 amostras de aspirado de nasofaringe, obtidas de 204 crianças com IRA, de maio de 2005 a junho de 2006. Resultados: Por meio da imunofluorescência indireta (IFI), 90 amostras (31,6%) foram positivas: 21,4% vírus sincicial respiratório (VSR); 3,5% adenovírus (Ad); 3,1% parainfluenza (PF) 3; 2,5% influenza (Flu) A; 0,7% PF 1; 0,4% Flu B. Das 195 negativas, 156 foram testadas para metapneumovírus humano (MPVh), com 15 positivas (9,6 % das amostras testadas). Conclusão: A prevalência viral nos serviços de ambulatórios foi de 42,8% e nos hospitalizados foi de 30%. Das crianças, 83,3% possuíam uma ou mais DBs associadas às IRAs, resultando em longos períodos de internação. Algumas delas tiveram múltiplas internações e múltiplos diagnósticos clínicos de IRA no período estudado.