Os animais de laboratório criados e mantidos nas colônias convencionais de muitas instalações de produção são comumente afetados por uma grande variedade de ectoparasitos e endoparasitos. No mundo inteiro estudos parasitológicos são realizados, em colônias de animais de laboratório, a fim de identificar o status sanitário animal, já que a prevalência de parasitos está diretamente relacionada com instalações adequadas e rigorosas, manutenção das barreiras sanitárias, treinamento especializado e envolvimento de todo o corpo técnico. A avaliação da condição sanitária parasitológica de camundongos das linhagens SWISS WEBSTER, BALB/c AN e C57BL/6 criados em colônias convencionais do Centro de Criação de Animais de Laboratório - CECAL/FIOCRUZ, foi realizado através da compilação de dados laboratoriais retrospectivos, referente ao período de 1999 a 2015. Os registros obtidos demonstraram que foram avaliados neste período 4.707 camundongos, de ambos os sexos, sendo 3.410 camundongos SWISS WEBSTER, 777 BALB/c AN e 520 animais da colônia de C57BL/6. Após a análise dos dados, constatou-se que entre os helmintos a maior prevalência foi de Syphacia obvelata 34,61% (1.629/4.707), seguida de Aspiculuris tetraptera 4,19% (197/4.707) e Hymenolepis nana 3% (141/4.707). Com relação aos protozoários intestinais a maior frequência foi de Spironucleus muris 7,14% (336/4.707), Tritrichomonas muris 5,91% (278/4.707), Entamoeba muris 3,19% (150/4.707) e Giardia muris 0,38% (18/4.707). Em relação aos ectoparasitos a maior prevalência foi de Myocoptes musculinus 0,83% (39/4.707) seguida de Myobia musculi 0,15% (7/4.707). Com relação ao corte temporal, foi observada a maior frequência dos ecto e endoparasitos nos anos de 1999 e 2000, sendo que a partir de 2013 não foram mais evidenciadas parasitoses.