Evidências sobre a eficiência do Modelo de Atenção Integral em saúde no uso de recursos podem promover a sua difusão. O Laboratório de Pesquisa Clínica em Doença de Chagas do Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas da Fundação Oswaldo Cruz adotou a estrutura Organização Inovadora para desenvolver a pesquisa clínica associada à assistência. O objetivo do artigo é avaliar esse exemplo de inovação organizacional para agregar conhecimento sobre o princípio direcionador da inovação na organização pública multipropósito de saúde e contribuição gerencial sobre a descentralização orientada para a inovação. Usa os métodos de levantamento de microcustos e Custeio Baseado em Atividades, o teste de correlação de Spearman e o Modelo DEA na avaliação. Confirma, quanto ao princípio direcionador da inovação, a contribuição para: o desenvolvimento da pesquisa; a diversificação e a efetividade em custos na distribuição dos recursos da assistência; e a eficiência relativa do conjunto destas atividades.