O progresso tecnológico da área da saúde possibilita que a humanidade se prepare para o enfrentamento dos desafios sanitários, como a pandemia atual (Covid-19), assim como resulta na melhoria da qualidade de vida da população e na geração de emprego e renda. Neste sentido, o setor da saúde é, portanto, fundamental e estratégico para os Sistemas Nacionais de Inovação. O Complexo Econômico Industrial da Saúde (CEIS) caracteriza a relação entre inovação e estrutura produtiva. O entendimento da cadeia de inovação do CEIS é um ponto necessário para definição e priorização de ações estruturantes que o desenvolvam. Uma das áreas cruciais para a inovação em saúde é a área de biomodelos experimentais. Essa área é essencial no processo inovativo para a saúde, tanto nas pesquisas básicas, testes pré-clínicos e desenvolvimento de medicamentos, vacinas, hemoderivados e reagentes diagnósticos. Desta forma, neste estudo, em um primeiro momento, buscou-se identificar, em âmbito nacional e internacional, diretrizes e ações estratégicas na área de biomodelos experimentais, que pudessem estimular o desenvolvimento desta importante área para a cadeia de inovação em saúde, em uma instituição brasileira \2013 a Fundação Oswaldo Cruz. Para isso, em um segundo momento, foi realizada pesquisa qualitativa, de caráter exploratório, utilizando análise documental e entrevista semiestruturada, com representantes que atuam na área de biomodelos experimentais na Fiocruz. O estudo apresenta as principais características da área de biomodelos experimentais, no que se refere à legislação e ao mercado, tanto nacional quanto internacional. Destaca ainda, como essa área de conhecimento está representada na estratégia e no sistema Fundação Oswaldo Cruz, contemplado por suas unidades organizacionais. A pesquisa identificou pontos de aprimoramento da estratégia adotada, que poderiam subsidiar um melhor aproveitamento sistêmico da cadeia de inovação em saúde da Fiocruz. Algumas das sugestões são: adoção de uma política específica para a área; implantação de coordenação institucional voltada para experimentação animal e métodos alternativos e melhoria do gerenciamento das informações da área de biomodelos experimentais.