Nas últimas quatro décadas a pesquisa em biomedicina sofreu transformações que influenciaram no desenho de novas abordagens científicas, no estudo de doenças associadas a microorganismos patogênicos e no desenvolvimento de novos produtos e processos de produção industrial, além de novas metodologias para a prevenção, o tratamento e o diagnóstico de doenças transmissíveis e não transmissíveis, em particular as negligenciadas. A identificação desses elementos nos permite afirmar que o Brasil vive a emergência de um novo modo de organização do processo de pesquisa e de produção de conhecimentos tecnocientíficos em saúde? Trata-se de responder essa questão através da analise da dinâmica local do uso de instrumentos de organização e coordenação da pesquisa científica numa institui- ção centenária com forte tradição na pesquisa biomédica brasileira, a Fundação Oswaldo Cruz. Após uma descrição analítica da Fundação entre 2001 e 2007, ao longo de três seções, sobre a organização e objetivos institucionais, as áreas de pesquisa, as formas de gestão e avaliação da pesquisa científica e do desenvolvimento tecnológico da Fiocruz, as formas de financiamento e de avaliação e as configurações e dinâmica das redes cooperativas, concluímos o artigo tecendo algumas considerações de ordem geral e específicas visando contribuir para o aprimoramento do processo local de organização da pesquisa científica voltada para o avanço tecnológico na área da saúde pública brasileira numa instituição que tem desempenhado papel central na formulação, implementação e avaliação de políticas de saúde do Estado brasileiro.