Introdução: A letalidade da malária na região extra-amazônica é cerca de 80 vezes maior do que na Amazônia, que concentra 99,8% dos casos do país. Em áreas de transmissão de dengue, como o Rio de Janeiro, o atraso no diagnóstico e tratamento da malária dos pacientes com febre, provenientes de áreas endêmicas de malária, pode ser, entre outros fatores, devido à confusão entre o diagnóstico das duas doenças pelos generalistas da rede de assistência médica. Neste trabalho, apresentamos as consequências do atraso diagnóstico em três pacientes com malária por Plasmodium falciparum; P. malariae e P. vivax, que, após o périplo habitual para tratamento de dengue, procuraram a nossa instituição onde foram corretamente diagnosticados e submetidos aos tratamentos adequados. Métodos: Descrição de três casos de malária diagnosticada tardiamente e encaminhados ao IPEC/ FIOCRUZ, entre os anos de 2007 e 2008. Resultados: uma brasileira proveniente de Moçambique, primo-infectada por P. falciparum, com malária diagnosticada após 6 dias do início da febre, morreu com malária cerebral e choque. Outro paciente com malária por P. malariae teve um curso grave e prolongado, mas ficou curado após o tratamento específico. A terceira paciente diagnosticada tardiamente apresentou malária por P. vivax adquirida na região de Mata Atlântica no estado do Rio. Conclusões: Os profissionais de saúde do Rio devem ser treinados para aperfeiçoar a vigilância e o tratamento oportuno da malária e evitar desfechos mórbidos e fatais. Sugere-se que uma investigação de focos de malária autóctone em áreas de mata no estado seja realizada.