O presente trabalho propõe analisar o processo de descentralização das açõesadministrativas da FIOCRUZ, considerando o atual modelo de administração adotado na Instituição, com vistas à inserção de inovações na organização, particularmente emprocessos que possam contribuir para uma gestão com foco em resultados. Considerando as ações previstas Plano Quadrienal 2005-2008 da Fiocruz, no seu item IV - Plano Estratégico da Fiocruz por Área de Atuação - que trata da Relação entre a Fiocruz, o Sistema Único de Saúde e a Sociedade, foi realizado um estudo na perspectiva do princípio da eficiência da administração pública considerando o processode descentralização ocorrido há dez anos no Instituto Fernandes Figueira.A importância do cumprimento da missão do Instituto, que desempenha um papel estratégico desenvolvendo atividades de pesquisa, ensino, e assistência de referência no âmbito da saúde da mulher, da criança e do adolescente, constituindo-se em pólogerador e difusor de tecnologias, bem como em um Centro de Referência para o Sistema Único de Saúde, necessita contar com uma gestão focada em resultados, ou seja, uma administração pautada no princípio da eficiência. A valorização na eficiência na gestão da coisa pública demonstra que vontade dos cidadãos na melhoria na prestação dos serviços públicos a cargo do Estado. Salienta-se que no âmbito da Administração Pública a busca deve ser por processo inovador e pautado pela busca de eficiência que permitam consolidar um sistema de inovação em saúde, vinculado ao interesse público.