A correta identificação de micro-organismos isolados em áreas classificadas é uma exigência da Anvisa e de organismos internacionais, que auxilia no rastreamento das possíveis origens de contaminação do processos e produtos. Entretanto, os bancos de dados (BD) utilizados nos métodos de identificação quase nunca contemplam a diversidade autóctone de cada unidade de produção farmacêutica. O presente trabalho teve como objetivos propor modificações na rotina de identificação de micro-organismos pelo Controle de Qualidade (CQ) de Bio-Manguinhos por meio do estudo da diversidade bacteriana (com a construção de uma Bacterioteca), da avaliação de quatro metodologias de identificação (BBL Crystal, VITEK 2 Compact, VITEK MS RUO e MicroSEQ) e da construção de um BD in house para identificação por MALDI-TOF MS. Assim como propor o uso da técnica de eletroforese em campo pulsado (PFGE) e do banco de dados da Bacterioteca para investigação de origem de contaminação. Os resultados do presente trabalho permitiram a elaboração de diversos documentos (instruções de trabalho, relatórios, catálogo de identificação, entre outros), a construção da Bacterioteca de Bio-Manguinhos, a avaliação da microbiota autóctone por local de produção e pelo processo de produção de um ingrediente farmacêutico ativo, o uso de estirpes autóctones como padrões secundários, a mudança do método de identificação do CQ de Bio-Manguinhos, a expansão do BD do VITEK MS RUO com estirpes autóctones, a verificação da relação clonal entre estirpes num evento de contaminação e a elaboração de um sistema exclusivo de identificação e de rastreamento de fontes de contaminação. Em conclusão, a avaliação e a incorporação de metodologias à rotina do CQ de Bio-Manguinhos foram relizadas com êxito e contribuíram para a melhoria dos resultados de identificação de contaminantes, assim como a construção de um catálogo de identificação e de um banco de dados in house. Além disso, o uso da técnica de PFGE em conjunto com a Bacterioteca e seu BD foram empregados com sucesso na investigação de um desvio da qualidade. Por fim, o sistema integrado de identificação de micro-organismos e de investigação de origem de contaminação foi avaliado e considerado viável, podendo ser implementado em outras unidades farmacêuticas.