O presente artigo aborda as coleções microbiológicas da Fundação Oswaldo Cruz, tendo algumas delas sido formadas ainda nos primórdios dos anos de 1920. No Brasil, o Instituto Oswaldo Cruz (posteriormente Fundação Oswaldo Cruz) foi uma das primeiras instituições a formar coleções vivas de material microbiológico. Coleções biológicas faziam parte da política institucional já voltada ao combate de doenças parasitárias e infecciosas causadas por bactérias e protozoários e transmitidas por insetos, moluscos e outros vetores. Hoje a Instituição é detentora de 17 coleções microbiológicas que representam a biodiversidade genética de bactérias, arqueias, protozoários e fungos de importância médica e ambiental, a memória epidemiológica e o registro de variações ocorridas em agentes etiológicos ao longo do tempo; e as populações genéticas de organismos relacionados a pesquisas em saúde pública, além da potencialidade dessas coleções na produção de novos insumos de interesse biotecnológico.