Dada a importância do Instituto Oswaldo Cruz para as pesquisas biomédicas, em nível nacional e internacional, que visam ao desenvolvimento tecnológico, à inovação e ao fornecimento de serviços de referência para o diagnóstico de doenças infecciosas e genéticas e para o controle vetorial, um mapeamento da produtividade dos seus laboratórios pode contribuir para o planejamento dos recursos, considerando-se as necessidades e as prioridades das demandas de saúde regionais. O problema de pesquisa considerou o relato dos gestores a respeito da divisão dos laboratórios não se mostrar eficiente para atender às necessidades de investimento em pesquisas de saúde, devido à grande pulverização de recursos. O objetivo foi avaliar e apresentar as potencialidades de colaboração, de interação e de integração entre os laboratórios de pesquisa, considerando as publicações científicas dos seus pesquisadores, as áreas de pesquisa e as palavras-chave relacionadas aos laboratórios, também as áreas de conhecimento e os medical subject headings encontrados nas bases ISI Web of Science e PubMed, respectivamente. A metodologia utilizada compreendeu a análise de redes quanto à colaboração e à classificação científica das publicações; e a análise de textos instrumentalizada pelo software IRAMuTeQ. Como conclusão, foram apresentadas possibilidades de agrupamentos com diferentes abordagens. No entanto, esclarece-se que foram utilizadas apenas informações acerca de publicações científicas. Isso pode implicar um viés nos resultados encontrados, havendo, portanto, necessidade de um parecer de especialistas acerca desses resultados. A sugestão é que a pesquisa seja aprofundada, considerando os programas de pós-graduação do Instituto Oswaldo Cruz e de seus professores, além de trabalhos de dissertação e de tese defendidos nos últimos anos (como o E-lattes) e que os seus resultados sejam apresentados em outras publicações.