O artigo discute os resultados de um estudo com egressos de três cursos de mestrado profissional na área de gestão de ciência e tecnologia em saúde oferecidos pela Fundação Oswaldo Cruz a seus próprios quadros. O estudo analisou as características desses egressos; identificou evidências de possíveis modificações geradas nas unidades de origem do egresso e dimensionou as relações entre a proposta dos cursos, as necessidades institucionais e as expectativas dos egressos. O artigo discute limites e possibilidades do mestrado profissional, ressaltando a relevância da avaliação dos processos para o desenvolvimento institucional. Apesar da satisfação dos egressos com os cursos, o estudo identificou dificuldades da instituição em incorporar algumas inovações, inclusive as referidas à gestão institucional.