A pesquisa e o desenvolvimento tecnológico com vistas à inovação contribuíram significativamente para os progressos observados ao longo da últimametade do século XX, influenciando a formação de recursos humanos qualificados e a gestão das instituições de Ciência & Tecnologia. Entretanto, pesquisa, desenvolvimento e inovação são atividades intrinsecamente ligadas. Assim, as políticas de fomento à inovação implicam em apoio à pesquisa técnico-científica e conseqüentemente na manutenção da capacidade técnico-científica das instituições e exige, também, a análise e o constante aperfeiçoamento da gestão da pesquisa e dos programas de fomento à Pesquisa & Desenvolvimento das instituições públicas de pesquisa. Neste sentido, este trabalho se ocupou da análise qualitativa de um programa de apoio às atividades de P&D realizadas pela maior instituição de pesquisa em saúde do país a Fundação Oswaldo Cruz. O objetivo foi a proposição de um modelo de avaliação de bolsas de pesquisa adequado à complexidade organizacional da FIOCRUZ, que sem abrir mão do mérito científico, da produtividade e da eficiência como componentes da avaliação, seja capaz de identificar critérios e indicadores que levem em conta as articulações dos projetos de pesquisa com os objetivos estratégicos da instituição, com as políticas governamentais de estímulo à inovação eo impacto social de suas atividades. Espera-se com o resultado desta proposta contribuir para a efetividade do modelo de gestão de programas de bolsa de P&D na instituição.