O absenteísmo por doença no serviço público federal é uma temática de pouca visibilidade. Este é um estudo ecológico de série temporal com objetivo de analisar a taxa de licença para tratamento de saúde entre os servidores da FIOCRUZ no quadriênio 2012–2015. A taxa do quadriênio foi de 45,30 (DP=6,50). Não se identificou variação significativa das taxas entre os anos estudados (p=0,144). Enfatiza-se a necessidade de dados de forma estruturada para construção de indicadores para o conhecimento da realidade de saúde desses trabalhadores, visando à proposição de medidas de proteção e promoção da saúde do trabalhador.