O Instituto de Tecnologia em Fármacos (Farmanguinhos), unidade técnico-científica da Fundação Oswaldo Cruz, representa o maior laboratório farmacêutico oficial vinculado ao Ministério da Saúde brasileiro responsável pela produção de mais de um bilhão de medicamentos por ano. As legislações sanitárias vigentes definem que devem ser utilizadas instalações segregadas e dedicadas para a produção de medicamentos, como penicilinas, minimizando os riscos de contaminação cruzada, que consequentemente possam gerar danos à saúde. Por isso, Farmanguinhos possui, atualmente, uma área dedicada à produção de amoxicilina, assim como o sistema gerador de água purificada, que atende à referida fabricação, também é dedicado à mesma. A água é a matéria-prima de mais elevado volume empregada na produção farmacêutica, exercendo profundo impacto na qualidade do produto e na segurança do paciente. O controle microbiológico da qualidade da água utilizada em processos farmacêuticos torna-se fundamental, já que micro-organismos podem sobreviver e proliferar em sistemas de água, tornando-se fontes de contaminação microbiana e pirogênica. A identificação destes micro-organismos e as informações obtidas sobre os mesmos podem ser extremamente úteis na identificação da fonte de contaminação microbiana de um produto ou processo, alem de direcionar ações corretivas, se necessário. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade microbiana presente em sistema gerador de água purificada, dedicado à produção de penicilínicos, de Farmanguinhos. Para isto, as amostras de água coletadas a partir do ponto de entrada, ponto de água potável, e do ponto de saída do sistema, ponto de água purificada, foram analisadas microbiologicamente quanto à contagem de micro-organismos mesófilos e quanto à presença de patógenos: Escherichia coli; coliformes totais e Pseudomonas aeruginosa. As amostras foram analisadas entre janeiro e maio de 2013. Todas as colônias obtidas foram isoladas e submetidas à identificação, através de equipamento MALDI-TOF. Não foram observados resultados acima da especificação para ambos os pontos, no período analisado. Do ponto de água potável foram isoladas apenas três espécies bacterianas: Bacillus cereus, Delftia acidovorans e Acinetobacter sp. Uma diversidade microbiana maior foi isolada a partir do ponto de água purificada, como: Burkholderia sp, Delftia acidovorans, Stenotrophomonas maltophilia, Bacillus cereus, Pseudomonas oryzihabitans e Pseudomonas putida. A espécie Delftia acidovorans, associada a fenômenos de biocorrosão foi o micro-organismo mais encontrado, sendo identificado em cerca de 1/3 do total de isolados. O sistema de água de Farmanguinhos é sanitizado mensalmente com sanitizante à base de glutaraldeído. Pode-se concluir que a sanitização está sendo eficiente para manter a contagem total de micro-organismos mesófilos dentro dos limites especificados. No entanto, algumas ações podem ser tomadas para evitar a presença de biofilmes, o que aprimorará ainda mais a qualidade da água purificada gerada.