Os tomadores de decisão reconhecem que é necessário não só dispor de uma base de dados confiável e efetiva sobre ciência, tecnologia e inovação (CT&I), como também dispor de um modelo de indicadores capaz de dar conta da difícil tarefa de bem avaliar a aplicação dos recursos públicos. O estudo objetivou a formulação de indicadores de CT&I, de forma a contemplar a abordagem holística de uma instituição de pesquisa na área da saúde, a Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz). Levantaram-se os indicadores encontrados principalmente nos relatórios de gestão da Fiocruz, confrontando-os com o modelo conceitual. Como resultado dessa análise comparativa, verificou-se a presença de indicadores com algumas limitações e a falta de indicadores relevantes. Apontaram-se outros indicadores visando a cobrir todas as dimensões e subdimensões do modelo proposto. Sugeriram-se recomendações para que o modelo esteja consistente com as políticas do Ministério da Saúde do Brasil.