A Fiocruz tornou-se ao longo da sua história importante ponto focal nas políticas de saúde do governo brasileiro tanto nacional como internacionalmente. Este crescimento levou a Fiocruz a enfrentar desafios na gestão dos processos de cooperação internacional, principalmente aqueles relacionados a fragmentação da informação sobre estas atividades. Escolhemos dois programas historicamente importantes para a Fiocruz, a cooperação Fiocruz - França e a Fiocruz - África (PALOP), e buscamos identificar e analisar as redes de cooperação intra-institucional existentes na Fiocruz no âmbito destas cooperações, com base nos processos de afastamento do país, no período de 2005 a 2008 como ferramenta de gestão do conhecimento. Utilizamos a metodologia para analise de redes sociais, que permitiu identificar não somente as redes existentes, sua estrutura e seus fluxos de informação, mas também os atores centrais e aqueles que necessitam de maior integração no contexto da cooperação internacional desenvolvida pela Fiocruz no objeto deste estudo. O mapeamento, a identificação e a analise das redes internas encontradas, com base nesses processos administrativos possibilitou evidenciar que a analise das redes de cooperação se constitui numa forma de gestão do conhecimento, tanto técnico quanto cientifico, e uma ferramenta importante para a gestão da cooperação internacional da Fiocruz. Entretanto, os limites apontados neste trabalho orientam para a necessidade de uma revisão no sistema de registro de informações, melhorando a interface tanto com o usuário quanto com o gestor, facilitando a captura de dados mais relevantes que possibilitem, inclusive, a migração ou integração com outras bases de dados específicos para a análise de redes, constituindo a criação de contextos favoráveis para que o conhecimento possa ser explicitado, formalizado e passível de ser incorporado ao ambiente organizacional; e, do outro lado, do oferecimento de incentivo à construção de redes formais e informais e de comunidades de prática para a valorização do aprendizado contínuo dentro da organização no contexto da cooperação internacional.