Estudos sobre o orçamento público e sua função alocativa se tornam relevantes quando abordam a eficiência de seu processo decisório. Contudo, pouco tem sido feito no sentido de compreender os fatores de tomada de decisão para a alocação de recursos em CT&I. Esta pesquisa cumpriu o objetivo geral de identificar as características do processo decisório relativo ao recurso para pesquisa do Instituto Aggeu Magalhães (IAM), unidade da Fiocruz em Pernambuco. Como procedimentos metodológicos básicos, o estudo realizou pesquisas documentais para compreender o processo decisório e o modelo atual de distribuição de recursos das unidades pesquisadas. Com base nessa análise preliminar, foram realizadas entrevistas junto a atores selecionados para avaliar a percepção interna sobre essa política. Após esse percurso metodológico inicial, foi possível elaborar e validar juntos aos atores um instrumento de avaliação para identificar as características do processo decisório utilizado pelo IAM, através da definição de variáveis analíticas com base na teoria dos fatores de tomada de decisão com ênfase em modelos de tomada de decisão orçamentária. Os critérios de tomada de decisão mapeados no estudo foram classificados através da Analytic Hierarchy Process (AHP), metodologia de apoio a tomada de decisão multicritério. Os resultados possibilitaram apresentar uma descrição detalhada do processo decisório do IAM demonstrando os pontos de entrave e os desafios a serem superados para a melhoria da gestão orçamentária do Instituto. Iniciativas desenvolvidas em outras unidades da Fiocruz foram estudadas com o objetivo de estabelecer algumas comparações relevantes. Uma das conclusões mais relevantes desse estudo permite afirmar que os critérios de tomada de decisão atuais utilizados pelo IAM para orientar a distribuição de recursos para pesquisa atendem apenas parcialmente às necessidades da comunidade científica, sendo constatado, portanto, a necessidade de investir em espaços ampliados de debate com público interessado.