O estudo refere-se à qualidade dos registros de acidentes biológicos, causados por materiais pérfuro-cortantes, ocorridos com profissionais de saúde, potencialmente expostos e atendidos nas unidades da FIOCRUZ/RJ, no período de 1999 a 2004. O presente trabalho tem como objetivos: identificar os setores de registros dos acidentes biológicos e o perfil dos profissionais responsáveis pelo preenchimento, descrever o conteúdo dos registros implementados nas unidades estudadas e monitorar o fluxo desses registros no âmbito interno e externo a FIOCRUZ. Trata-se de um estudo de metodologia descritiva, de compilação de dados de entrevistas, questionário e fichas analisadas. Nos resultados foi observado que 13 dos 14 entrevistados disseram não terem recebido treinamentos para lidar com a ficha de notificação, 10 responderam sentir dificuldades para preenche-las corretamente e dois disseram encontrar algum tipo de dificuldade para lidar com o acidentado. A variedade de fichas utilizadas e a precariedade do preenchimento dentro de cada setor estudado contribuíram para dificultar a consolidação das informações pertinentes. Dos 134 acidentados detectados durante o período de estudo, apenas 21 (15,67%) foram encaminhados para o NUST, setor responsável pela saúde do trabalhador da FIOCRUZ/RJ, enquanto 79 (58,96%) não tiveram nenhum encaminhamento e 34 (25,37%) ficaram sem registro do encaminhamento. Das condutas pós-acidente 47,76% não foram registradas; 23,88% foram encaminhados para profilaxia de HIV, 8,96% para profilaxia de HIV e HBV e os demais 19,40% distribuídos para tratamento de doenças de chagas, leishmaniose, testes sorológicos e profilaxia para HIV, HBV e HCV. Na análise das fichas de notificação e do perfil dos notificadores entrevistados, constataram-se problemas relacionados a: registros de acidentes biológicos, ausência de padronização das fichas utilizadas com diferentes fluxos de registros; ausência na investigação e desfecho dos 134 casos registrados de acidentes biológicos; sub-notificação dos registros das unidades estudadas quando comparados com os bancos da SMS - Rio de Janeiro e do NUST/FIOCRUZ, enfatizamos a necessidade de implementação de medidas e intervenções de sensibilização do profissional para a realização, integração e análise das informações dos acidentes biológicos registrados na FIOCRUZ. O resultado do presente estudo será a apresentação de uma proposta de Vigilância em Saúde para a Instituição.