As Instituições públicas de Ciência e Tecnologia (ICTs) foram criadas para atender demandas específicas voltadas para o desenvolvimento socioeconômico do país e são consideradas importantes atores no processo de implementação das políticas públicas, principalmente por meio do desenvolvimento de projetos de pesquisa que buscam atender as demandas apontadas pela sociedade e pelo governo. No Brasil, a maior parte das atividades de Pesquisa, Desenvolvimento e Inovação (PD&I) são desenvolvidas por instituições públicas. Dentre as ICTs públicas brasileiras, a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) e a Fundação Oswaldo Cruz são consideradas referências internacionais em suas áreas de atuação, além disso, a maior parte dos recursos disponibilizados para pesquisa nas áreas de agropecuária e saúde é destinada a estas duas instituições, que os utilizam por meio do desenvolvimento de projetos de pesquisa. O objetivo geral desta pesquisa foi analisar a percepção sobre o processo de alinhamento entre a estratégia e os critérios de priorização de projetos de pesquisa na Embrapa Suínos e Aves e Fiocruz-PR. Para responder a pergunta da pesquisa deste trabalho, a metodologia escolhida foi o estudo de casos múltiplos (dois), com abordagem qualitativa e uso de questionários semiestruturados. A pesquisa foi desenvolvida em três fases: a primeira foi exploratória, utilizando a pesquisa bibliográfica, a segunda fase foi descritiva, realizada a partir da análise documental e a terceira fase, analítica. A pesquisa qualitativa ocorreu por meio de entrevistas não estruturadas e aplicação de questionários semiestruturados com agentes envolvidos diretamente nos processos de planejamento estratégico e de priorização de projetos de ambas as instituições. A pesquisa qualitativa objetivou obter um melhor entendimento sobre estes processos, considerando a percepção dos agentes envolvidos. A partir das análises constatou-se que ambas as instituições possuem processos de planejamento estratégico e de priorização de projetos bem estruturados, com equipes qualificadas e com etapas bem definidas. O alinhamento entre as estratégias traçadas e os projetos priorizados, ocorre de forma diferenciada nas instituições, em função das diferentes metodologias utilizadas. As estratégias de seleção de projetos de pesquisa na Embrapa Suínos Aves é fundamentada nos interesses e respostas de todos os atores envolvidos (políticos, clientes, produtores, agroindústrias, universidades...) que participam do processo. Enquanto que na Fiocruz-PR a seleção de projetos prioriza os interesses e demandas de um único ator, ou seja, o Governo Federal.