Esta dissertação tem como objetivo de investigar os fatores que causam barreiras à gestão de programas de fomento à pesquisa em uma instituição de saúde pública para que seja possível fornecer informações que permitam os gestores públicos uma melhor condução dos programas de financiamento e incentivo à pesquisa, a ser construído com base na experiência de gestão desse tipo de programa em uma instituição de saúde pública.O presente trabalho é classificado como uma pesquisa aplicada, pois visa encontrar conhecimento para aplicação de seus resultados práticos. Para atingir os objetivos propostos, o estudo foi desenvolvido através de uma pesquisa qualitativa de caráter exploratório, tendo como meio de investigação o estudo da implantação do Programa de Excelência em Pesquisa, o PROEP, no Instituto Aggeu Magalhães, unidade regional da Fundação Osvaldo Cruz (Fiocruz). A coleta de dados abrangeu: revisão de literatura e pesquisa documental. O tratamento de dados foi realizado por meio da técnica de análise de conteúdo. Por intermédio dos objetivos específicos o trabalho procurou categorizar e analisar as barreiras encontradas na gestão dos programas de fomento à pesquisa, na Fiocruz, considerando o PROEP; discutir as consequências relacionadas a presença dessas barreiras no Instituto Aggeu Magalhães e propor alternativas de superação com o propósito de colaborar para a diminuição as barreiras identificadas na gestão do PROEP. Como resultado da análise dos dados, foram sugeridas alternativas de superação das barreiras na gestão de programas de fomento. A identificação de barreiras contribui para uma mais eficiente gestão destes programas, melhor aplicação dos recursos públicos, uma importante disponibilização de dados para tomada de decisão. A implementação das ações propostas neste estudo pode aperfeiçoar e tornar mais eficiente a gestão dos programas de fomento à pesquisa nas instituições públicas.As contribuições desse estudo para uma boa gestão de programas de fomento à pesquisa trarão subsídios para a Fiocruz e outras instituições públicas cumprirem seu papel de promover a saúde e o bem-estar da população brasileira, por meio de pesquisas cientificas de excelência, voltadas para o fortalecimento do Sistema Único de Saúde (SUS). A aplicabilidade da pesquisa é relevante devido ao fato que a adoção das ações propostas permite a superação das dificuldades que os gestores públicos enfrentam em conduzir os programas de fomento à pesquisa, em todas as etapas, de forma eficiente e eficaz diante das diferentes barreiras encontradas na gestão desses programas.A literatura sobre o assunto mostrou-se relativamente limitada. Há uma escassez de trabalhos quando o assunto versa sobre barreiras encontradas especificamente nos programas de fomento à pesquisa, como também, com este foco de uma instituição pública com a complexidade da Fiocruz, o que traz originalidade ao estudo.